Los efectos indeseados son habitualmente leves, transitorios y de menor gravedad que los daños o secuelas de las enfermedades que se previene. La mayoría de las vacunas puede causar fiebre, enrojecimiento o hinchazón en el sitio de aplicación. A continuación se detallan los efectos más comunes:

Es muy común que las vacunas Triple, Cuádruple y Quíntuple causen enrojecimiento, hinchazón, dolor y aparición de un nódulo (que puede permanecer varias semanas) en el lugar de aplicación.

La vacuna BCG generalmente produce en el sitio de aplicación un nódulo que suele ulcerarse, supurar y transformarse luego en una cicatriz; proceso que dura habitualmente alrededor de tres meses. La higiene de la zona debe hacerse sólo con agua y jabón.