A pesar que la estimulación de la ovulación permite el acceso al embarazo a muchas parejas infértiles, esta técnica no está exenta de riesgos y, por lo tanto, debe ser realizada con sumo cuidado. Las principales complicaciones son la hiperestimulación ovárica y el embarazo múltiple.

Cuando se estimula la ovulación, especialmente para los procedimientos de alta complejidad, el aumento de tamaño de los ovarios ocasiona una serie de molestias a la mujer: sensación de hinchazón en el abdomen, dolores similares a los producidos por la menstruación, cefaleas y mayor secreción de moco cervical. Cuando la respuesta a la estimulación es exagerada se acumula líquido en la cavidad abdominal, produce nauseas y caída de la presión arterial. Algunos casos requieren la internación de la paciente para controlar el cuadro. Cabe aclarar que esta respuesta exagerada es más frecuente en las pacientes con ovario poliquístico.